لتحقيق الأهداف والمقاصد المذكورة أعلاه، يدير الوقف أعماله من خلال الفروع الستة التالية: (1) تعليم السنة، (2) تدريب السنة، (3) التعليم العالي والبحث في السنة، (4) خدمة وتطوير السنة، (5) إعلام ونشر السنة، و (6) أهل السنة.